Rankiem 9 kwietnia do kościoła weszło dwóch żołnierzy Gwardii Prezydenckiej i dwóch żandarmów. Rozpoczęli sprawdzanie dowodów osobistych zgromadzonej w kościele ludności, a następnie nakazali kilku osobom pochodzenia Hutu opuszczenie kościoła. Jeden z księży protestował twierdząc, że zgromadzeni w kościele ludzie to chrześcijańscy wierni i członkowie wspólnoty pallotyńskiej, ale został poinformowany przez żandarmów, że „kościół jest schronieniem dla inkotanyi”. Następnie w kościele pojawił się oficer Gwardii Prezydenckiej, który powiedział żołnierzom, aby nie marnowali kul, ponieważ wkrótce pojawią się Interahamwe z maczetami.
Wkrótce później do kościoła wkroczyło około 100 bojówkarzy milicji Interahamwe, którzy grożąc księżom zaczęli mordowanie osób przebywających w kościele przy użyciu maczet i pałek, tnąc ramiona, nogi i twarze przerażonych ludzi, którzy usiłowali ukryć swoje dzieci pod ławkami. Część ludzi wyciągnięto siłą z kościoła i zakatowano na przedkościelnym placu. Karty identyfikacyjne mordowanych palono.