Wygłoszony 15 października 1886 roku po powrocie z Paryża raport na temat przyczyn i sposobów terapii histerii został chłodno przyjęty przez wiedeńskich lekarzy. Środowisko medyczne Wiednia nie było w stanie zaakceptować poglądu, że histeria może być chorobą dotyczącą także mężczyzn.
W swej prywatnej praktyce Freud zaczął stosować metody leczenia zaburzeń psychicznych poznane w czasie pobytu w Paryżu. W latach 1886–1893 pracował jako neurolog w Instytucie Neurologicznym Kassowitza w Wiedniu. W 1886 roku przez kilka tygodni studiował także w Berlinie w Szpitalu im. Cesarza Fryderyka pod kierunkiem A. Baginsky’ego. W 1889 roku odbył kolejny staż we Francji w Klinice Wydziału Medycznego Uniwersytetu w Nancy pod kierunkiem Hippolyte’a Bernheima, w trakcie którego udoskonalił swoją technikę terapii.
Współpraca z Josefem Breuerem Freud uważał, że w przeciwieństwie do Charcota, Pierre Janet nie wywarł nań żadnego wpływu – był on po prostu przeciwnikiem psychoanalizy. Josef Breuer był jednak nauczycielem i bliskim przyjacielem Freuda, wywarł na niego identyczny – o ile nie poważniejszy – wpływ jak Charcot, z pewnością zaś odegrał bardziej osobistą rolę w jego życiu.