W strukturze uczelni znalazły się: Wydział Strategiczno-Obronny, Wydział Wojsk Lądowych, Wydział Wojsk Lotniczych i Obrony Powietrznej i Wydział Nauk Humanistycznych. W skład Wydziału Nauk Humanistycznych weszli oficerowie z samodzielnych katedr specjalistycznych oraz część nauczycieli z rozwiązanej Wojskowej Akademii Politycznej. Po kilku latach wydział ten został zredukowany do Instytutu Nauk Humanistycznych. W 1997 do AON włączono na prawach wydziału Wojskowy Instytut Historyczny. W 2001 Instytut ten rozwiązano, tworząc w jego miejsce Biuro Badań Historycznych podporządkowane ministrowi Obrony Narodowej.
W połowie lat 90. AON w działalności dydaktycznej wyraźnie wykroczyła poza sferę obronności otwierając dla studentów cywilnych nowe kierunki w postaci studiów: ekonomicznych, historycznych i zarządzania. Doprowadziło to do sytuacji, w której liczba studentów cywilnych znacznie przeważała nad liczbą studentów wojskowych.
W 2007 podjęto proces reorganizacji uczelni, tworząc: Wydział Zarządzania i Dowodzenia oraz Wydział Bezpieczeństwa Narodowego.
30 września 2016 r. na mocy ustawy z dnia 20 maja 2016 r.