Lorenzo i Bianka nakrywają w muzeum siostry, lecz te nokautują ich i wiążą. Następnie Oakley włącza MOA, po czym budzi ze snu dwa prehistoryczne Pokemony: Aerodactyla i Kabutopsa, którym nakazuje schwytać Latias oraz zabić każdego, kto stanie im na drodze. Latios, wykorzystując swoje umiejętności wysyła obraz tych wydarzeń siostrze, ta zaś ukazuje go Ashowi, Misty i Brockowi. Przyjaciele rozumieją, że muszą działać. Oakley za pomocą MOA zamyka żelaznymi pnączami drzwi i okna we wszystkich domach w Alto Mare. Ash, widząc co się święci, w ostatniej chwili wyskakuje razem z Latias i Pikachu przez okno do wody, po czym rusza do muzeum. Atakują go Aerodactyl i Kabutops, na szczęście uwięzieni Misty i Brock wysyłają mu w sukurs swoje Pokemony, więc walka kończy się zwycięsko dla Ketchuma. Później Oakley wykorzystując moc MOA próbuje utopić Asha, ale ratuje go Latias. Bohater dociera do muzeum, gdzie uwalnia Lorenza, Biankę i Latiosa oraz pokonuje agentki Giovanniego. Chwilę później dochodzi do tragedii – Klejnot Dusza wyczerpuje całą swoją moc, przez co MOA przestaje działać, a w stronę miasta zaczyna pędzić tsunami. Mityczne rodzeństwo Pokemonów wykorzystując swoją moc ratuje miasto od zagłady, jednak Latios osłabiony walką z żywiołem umiera, zaś Latias ledwo uchodzi z życiem.