Lata 1806–1809 Przełomowym wydarzeniem dla Fryderyka Wilhelma stała się bitwa pod Jeną-Auerstedt z 14 października 1806 roku, w której Fryderyk Wilhelm, brał udział już jako generał major. Podczas walki zginął wówczas feldmarszałek pruski i ojciec Fryderyka, książę Brunszwiku Karol Wilhelm. Z uwagi na przedwczesną śmierć najstarszego brata, Karola Jerzego (zmarł niespodziewanie 20 września) i po ogłoszeniu za niezdolnych do pełnienia władzy pozostałych braci, najmłodszy syn zmarłego księcia nieoczekiwanie został jedynym sukcesorem księstwa Brunszwiku. Władzy jednak nie zdołał objąć, gdyż na skutek działań militarnych i politycznych Napoleona I, które zakończyły się klęską Królestwa Prus, ziemie brunszwickie weszły w skład stworzonego właśnie pokojem w Tylży Królestwa Westfalii.
Wobec takiego rozwoju wypadków prawowity następca brunszwickiego tronu udał się do Bruchsalu w Badenii, gdzie rządził jako niezależny Wielki Książę jego szwagier, Karol Fryderyk Badeński. W Badenii Fryderyk Wilhelm przebywał do roku 1809, kiedy to po zawiązaniu się V koalicji postanowił walczyć przeciw Napoleonowi.