Ostatecznie w klasyfikacji generalnej zajął siódme miejsce, a w klasyfikacji kombinacji zdobył Małą Kryształową Kulę. W lutym 2009 roku wystartował na mistrzostwach świata w Val d’Isère, zdobywając dwa medale. Najpierw zdobył brązowy medal w zjeździe, w którym o 0,17 sekundy wyprzedził go John Kucera z Kanady, a o 0,13 sekundy szybszy był jego rodak, Didier Cuche. Sześć dni później wystartował w gigancie, w którym prowadził po pierwszym przejeździe z przewagą 0,48 sekundy nad Austriakiem Benjaminem Raichem. W drugim przejeździe uzyskał dopiero dwunasty wynik, wystarczyło to jednak do zwycięstwa. Ostatecznie wyprzedził Raicha o 0,71 sekundy i Teda Ligety'ego z USA o 0,99 sekundy.
Najważniejszym punktem sezonu 2009/2010 były igrzyska olimpijskie w Vancouver. Szwajcar sięgnął tam po złoty medal w gigancie, wygrywając pierwszy przejazd i uzyskując trzeci wynik w drugim przejeździe. Pozostałe miejsca na podium zajęli Norwegowie: Kjetil Jansrud ze stratą 0,39 sekundy oraz Aksel Lund Svindal ze stratą 0,61 sekundy. Na tej samej imprezie Janka był też między innymi ósmy w supergigancie i czwarty w superkombinacji, walkę o medal przegrywając 0,22 sekundy ze swym rodakiem, Silvanem Zurbriggenem.