Podczas okupacji hitlerowskiej był to jeden z dwóch dostępnych dla Polaków kościołów w Poznaniu. Podczas walk o Cytadelę wzgórze znalazło się na linii najbardziej zaciętych walk. Kościół został poważnie uszkodzony. Zniszczony został cały dach, runęła część sklepienia i murów, ucierpiało też wnętrze. Zniszczone zostały cenne witraże, ocalał natomiast bogaty skarbiec.
Świątynię odbudowano w latach 1946–1949 (rekonsekracji dokonał ks. Hieronim Lewandowski, a mszę odprawił 9 grudnia 1945 abp Walenty Dymek). Podczas tych prac usunięto tynki ze wszystkich ścian poza późnorenesansowymi szczytami. Odsłonięto również gotyckie portale na północnej i południowej elewacji, podczas gdy główne wejście od strony zachodniej wymagało rekonstrukcji. Natomiast w latach 1951–1952 przeprowadzono prace konserwacyjne we wnętrzu. Nowe witraże wykonali Stanisław Powalisz – w nawach głównej i północnej, oraz Henryk Jackowski-Nostitz w nawie południowej.
Przed kościołem znajduje się drewniana, kryta gontem, dzwonnica pochodząca z przełomu XVI i XVII wieku – najstarszy drewniany zabytek w mieście.
Budowa Z zewnątrz z daleka zwraca uwagę wysoki, dwuspadowy dach kryty dachówką. Na fasadzie znajduje się gotycki fryz ze skośnie ułożonej cegły, całość zaś wieńczy późnorenesansowy szczyt o łagodnych liniach.