W 1986 przeszedł do pracy naukowej na olsztyńskiej uczelni, przemianowanej w latach 70. XX wieku na Akademię Rolniczo-Techniczną. Był kolejno adiunktem i docentem kontraktowym (1989), a po uzyskaniu habilitacji (rozprawa Badania nad wykorzystaniem krwi konserwowanej chemicznie w żywieniu lisów polarnych (Alopex lagopus), obroniona na Wydziale Zootechnicznym Akademii Rolniczej w Lublinie w 1992) kierownikiem Zakładu Hodowli Zwierząt Futerkowych. W 1997 Zakład przekształcono w Katedrę Hodowli Zwierząt Futerkowych, a w 2005 w Katedrę Hodowli Zwierząt Futerkowych i Łowiectwa; Manfred Lorek pozostawał nieprzerwanie kierownikiem jednostki, od 1993 jako profesor nadzwyczajny, od 1997 jako profesor tytularny nauk rolniczych, także po utworzeniu Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w 1999.
W latach 1993–1999 przez dwie kadencje pełnił funkcję prodziekana ds. studiów Wydziału Zootechnicznego (od 1998 Wydziału Bioinżynierii Zwierząt) Akademii Rolniczo-Technicznej, w latach 1999–2002 był pierwszym dziekanem Wydziału Bioinżynierii Zwierząt Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego. Jako członek senatu uczelni brał udział w pracach Komisji Budżetowej, Komisji Dydaktycznej oraz Komisji ds. Rozwoju. Był także pełnomocnikiem rektora ds.