W 1969 roku w Hiszpanii, podczas realizacji filmu kryminalnego Wiwat Ameryka! (¡Viva América!), Jeffrey Hunter został przypadkowo ranny podczas wybuchu. Wkrótce potem zaczął się skarżyć na bóle i zawroty głowy. Był krótko hospitalizowany po powrocie do Los Angeles. Niedługo potem, 27 maja 1969 roku na schodach w swoim domu upadł i uderzył głową, doznał krwotoku mózgu. Zmarł w wieku 42 lat podczas zabiegu chirurgicznego w celu leczenia złamań czaszki.
Życie prywatne Był trzykrotnie żonaty; z aktorką Barbarą Rush (od 1 grudnia 1950 do 29 marca 1955), z którą ma syna Christophera (ur. 29 sierpnia 1952). Jego drugą żoną była ex-modelka Joan Bartlett (od 7 lipca 1957 do 28 lutego 1967), z którą ma dwóch synów – Todda i Scotta oraz adoptowanego syna Steele’a Richarda (ur. 9 marca 1953). 4 lutego 1969 ożenił się po raz trzeci z Emily McLaughlin.
Filmografia Filmy kinowe 1969: Super Colt 38 jako Billy Hayes 1969: Wiwat Ameryka!