Struktura organizacyjna Organizacja Szczecińskiego nr 3 Oddziału WOP w 1946 thumb|Koszary, w których stacjonowała grupa manewrowa i 13 komenda odcinka (styczeń 2009) dowództwo sztab i pododdziały dowodzenia grupa manewrowa (później szkoła podoficerska) 11 komenda odcinka Mieszkowice (cztery strażnice) 12 komenda odcinka Chojna 13 komenda odcinka Szczecin 14 komenda odcinka Nowe Warpno–Trzebież thumb Przejściowe punkty kontrolne: PPK Kołbaskowo (drogowy) – od jesieni 1946Rozkaz Ministra Obrony Narodowej nr 0153/org. z 21.09.1946. PPK Nowe Lipki (drogowy) PPK Gumieńce (kolejowy) – od jesieni 1946Rozkaz Ministra Obrony Narodowej nr 0153/Org.z 21.09.1946. PPK Szczecin (morski) PPK Świnoujście (rzeczny) – od jesieni 1947Rozkaz dowódcy WOP nr 079 z 4.11.1947. PPK Gryfino (rzeczny) od 1947.
We wrześniu 1946 stan etatowy oddziału przewidywał: 4 komendy, 20 strażnic, 1597 wojskowych i 14 pracowników cywilnych. Po reorganizacji w 1947 było to: 5 komend odcinków, 24 strażnice, 1563 wojskowych i 13 pracowników cywilnych.