Dodatkowo, stawianie wiarygodnej diagnozy przy kontakcie online jest praktycznie niemożliwe, jako że w formie mailowej jest to kontakt ograniczony tylko do słowa pisanego. Podnosi się również kwestię możliwości wystąpienia nieporozumień na tle kulturowym, gdyż sytuacja kontaktu online zwiększa prawdopodobieństwo tego, że specjalista i klient będą pochodzili z różnych kręgów kulturowych.
Korzystanie z psychoterapii online wymaga od klienta umiejętności opisywania i werbalizacji własnych trudności.
Odrębną kwestią jest bezpieczeństwo takiej relacji. Dotyczy ono zarówno problematyki kodowania przesyłanych danych jak i możliwości uzyskania do nich dostępu przez osoby niepowołane (zaleca się przechowywanie maili na komputerze, który nie jest podłączony do sieci). Istnieje również możliwość, że ktoś będzie się podszywał pod psychoterapeutę lub pod samego pacjenta w kontakcie zapośredniczonym elektronicznie.