Całe założenie pełniło raczej funkcje mieszkalne i reprezentacyjne niż obronne, jednak w czasie wojny trzynastoletniej zamek stał się areną gwałtownych walk między stroną polską a Krzyżakami, w rezultacie czego niemal doszczętnie spłonął. Po zakończeniu wojny obiekt został odbudowany i wzmocniony na wypadek powtórzenia się konfliktu zbrojnego - wzniesiono dodatkowe baszty, podwyższono mury obronne. Mimo tych czynności w 1520 zamek bez walki poddał się na widok pięciotysięcznej armii polskiej, prowadzonej przez Stanisława Kostkę, który został królewskim zarządcą - starostą Szymbarka aż do 1526 roku. 250px|left|thumb|Zamek pod koniec XIX wieku Po sekularyzacji dawnego państwa krzyżackiego właścicielem zamku został Albrecht Hohenzollern, który początkowo pozostawił zamek w rękach biskupa Erharda von Queiss, a po jego śmierci przekazał go ewangelickiemu biskupowi Georgowi von Polentzowi. Jego spadkobiercy administrowali zamkiem do 1653, przeprowadzając renesansową przebudowę obiektu i zmieniając go ostatecznie w rezydencję. Kolejnym właścicielem dóbr szymbarskich był Jonasz Kazimierz von Eulenburg, a po nim Teodor Schlieben. Pod koniec XVII wieku sprzedał on zamek Ernestowi Finck von Finckenstein, którego rodzina władała zamkiem do 1945.