W rezultacie doszło do secesji prowincji Cisplatina, która później uzyskała niepodległość jako Urugwaj. W 1826 roku, mimo swojej dużej roli w odzyskaniu niepodległości przez Brazylię, Piotr I został wybrany na króla Portugalii – ale natychmiast zrzekł się tytułu portugalskiego na rzecz swojej najstarszej córki, Marii. Dwa lata później koronę portugalską uzurpował młodszy brat Piotra I, Michał. Nie dając sobie rady z sytuacją w Brazylii i Portugalii, Piotr I abdykował i wrócił do Europy, gdzie pomógł córce odzyskać tron.
Następcą tronu w Brazylii został pięcioletni syn Piotra I, Piotr II. Do czasu osiągnięcia przez młodego cesarza pełnoletniości władzę w kraju objęli regenci. Próżnia władzy wynikająca z braku silnego monarchy jako ostatecznego arbitra w sporach politycznych doprowadziła do regionalnych wojen domowych lokalnych frakcji. Proces dezintegracji udało się zatrzymać po przejęciu pełni władzy przez Piotra II, który przywrócił w kraju stabilność i pokój, co ostatecznie pozwoliło Brazylii stać się wschodzącą potęgą światową. Cesarstwo wygrało kilka konfliktów międzynarodowych (wojna urugwajska, wojna paragwajska) pod rządami Piotra II.