Czasami podczas tranzytu tarcza słoneczna bywa jedynie "muśnięta" przez Merkurego. Oznacza to, że w niektórych miejscach na kuli ziemskiej widać pełny tranzyt, a na innych tylko częściowy (bez drugiego i trzeciego kontaktu). Ostatni taki tranzyt miał miejsce 15 listopada 1999. Poprzedni – 28 października 743. Następny nastąpi 11 maja 2391. Zdarza się też, że z niektórych miejsc na Ziemi widać częściowy tranzyt, a z innych nie widać go w ogóle. Ostatni taki miał miejsce 11 maja 1937, poprzedni 21 października 1342, a kolejny nastąpi 13 maja 2608.
Pierwszym obserwatorem przejścia Merkurego przed tarczą Słońca był francuski astronom Pierre Gassendi, który prześledził przebieg zjawiska w 1631. W Polsce po raz pierwszy dokonał podobnej obserwacji i dokładnie ją opisał Jan Heweliusz w 1661. Obserwacja ta była trzecią w historii astronomii.
Podczas przejścia można zaobserwować różne zjawiska optyczne, a do najciekawszych należy tzw. czarna kropla.