Z biegiem lat Juliana Maria włączyła się jednak aktywniej w grę polityczną rozgrywającą się na dworze duńskim, a miało to miejsce podczas panowania jej pasierba, umysłowo chorego Chrystiana VII: królowa wspierała frakcję dworską starającą się położyć kres panoszeniu się Struenseego i jego popleczników, którzy wykorzystywali chorobę Chrystiana VII i faktycznie przejęli ster rządów w państwie.
Po obaleniu Struenseego i wygnaniu królowej Karoliny Matyldy Juliana Maria sprawowała w latach 1772–1784 regencję w imieniu chorego Chrystiana VII, wspierając konserwatywny kierunek rządów w kraju. Pod jej kierownictwem przyjęto w Danii w 1776 prawo o obywatelstwie, na mocy którego jedynie Duńczycy mogli piastować urzędy państwowe. Prawo to zostało wprowadzone jako reakcja na niedawne rządy Struenseego, który obsadzał stanowiska państwowe Niemcami. Królowa, choć sama pochodziła z Niemiec, wykorzystywała w ten sposób nacjonalistyczne nastroje społeczne i w końcu uważana była przez Duńczyków za esencję duńskości i nazywana była drogą matką Duńczyków