Poza standardowym zestawem operacji udostępnianych przez obiekt EntityManager standard JPA definiuje język zapytań JPA Query Language podobny do SQL.
Implementacje w serwerach aplikacyjnych Poza wzorcową implementacją standardu JPA - czyli serwera aplikacyjnego GlassFish, istnieje wiele innych implementacji wspomnianego standardu. Serwery aplikacyjne dostarczające usług ORM zgodnie ze standardem Java Persistence API:
+ Serwery aplikacyjne i ich implementacje JPA Silnik implementujący JPA Serwer aplikacyjny Producent serwera Hibernate EntityManager JBoss AS Red Hat TopLink Oracle Application Server/OC4J Oracle Corporation Kodo WebLogic Server Oracle Corporation Open JPA Apache Geronimo, Open EJB Apache Software Foundation
Warto podkreślić, iż niektóre serwery aplikacyjne udostępniają możliwość zamiany dostawcy usług ORM zgodnie ze standardem JPA.
Zależności między JPA, EJB 3.0 oraz Java EE 5 JPA jest elementem standardu EJB 3.0, a ten z kolei wchodzi w skład Java EE 5. Usługi standardu EJB są zwykle realizowane przez specjalne środowisko uruchomieniowe zwane serwerem aplikacyjnym. Istnieje jednak możliwość korzystania z tego standardu w aplikacjach nie korzystających z serwera aplikacyjnego.