Wojna Birney wstąpił do armii unijnej wkrótce po incydencie w Fort Sumter w stopniu podpułkownika 23. pensylwańskiego ochotniczego pułku piechoty, jednostki zwerbowanej na własny kosztDougherty, s. 172.. Dla przygotowania się do tej roli zaczytywał się na krótko przed wojną tekstami z dziedziny taktyki, strategii i historii wojskowości. 31 sierpnia 1861 roku został awansowany do stopnia pułkownika, a w lutym 1862 generała brygadiera, co zawdzięczał nie umiejętnościom wojskowym lecz koneksjom politycznym. Dowodził brygadą w dowodzonej przez gen. bryg. Philipa Kearny’ego dywizji III Korpusu i odbył z nią kampanię półwyspową. Po bitwie pod Seven Pines został oskarżony o niewykonanie rozkazu przełożonego, generała majora Samuela Heintzelmana, czyli o „zatrzymanie oddziałów o milę przed liniami nieprzyjaciela”, co okazało się zwykłym nieporozumieniem. Birney stanął przed sądem polowym, ale za wstawiennictwem Kearny’ego został oczyszczony z zarzutów i przywrócony do dowództwaDougherty, s. 173..