Wobec zaistniałej sytuacji 31 marca 1078 Michał VII Dukas abdykował i usunął się do klasztoru. W tych warunkach, 3 kwietnia, G. Ostrogorski mówi o 24 marca Nicefor wkroczył do stolicy i przejął ster rządów. Koronacja władcy nastąpiła jednakże dopiero kilka miesięcy później (2 czerwca bądź lipca 1078 roku)Tu również odmiennie G. Ostrogorski, który twierdzi, iż po wkroczeniu do stolicy (...)jeszcze tego samego dnia otrzymał koronę z rąk patriarchy. . Dla umocnienia swej pozycji cesarz poślubił żonę swojego poprzednika – Marię z Alanii i to jeszcze za życia Michała VII.
Na wieść o przewrocie w Bizancjum papież Grzegorz VII obłożył Nicefora klątwą.
Rządy Nicefora III thumb|100px|Nicefor III thumb|left|250px|Cesarstwo Bizantyńskie w roku 1081 Rządy Nicefora III charakteryzowały się brakiem spójnej polityki i początkowo polegały głównie na zjednywaniu sobie stronników obalonego Michała VII. W tym okresie nasiliła się jeszcze walka stronnictw co zwiększyło panujący w kraju chaos wywołany klęską pod Manzikert. Wzrastające wydatki doprowadziły również do wyczerpania skarbu, a w konsekwencji do obniżeniu wartości pieniądza. Wielkie wpływy na dworze uzyskali cesarscy zausznicy: Borył i German.