Historia mały|lewo|Atol Salomon należący do Czagos Jako pierwsi dotarli na wyspę przybysze z Malediwów. Czagos leżały jednak zbyt daleko od Malediwów, aby mieszkańcy tych drugich osiedlali się w sposób planowy na siedmiu atolach. Dlatego przez wieki archipelag nie był zamieszkany. Pierwszym Europejczykiem, który dotarł na Czagos, był Vasco da Gama. Portugalczycy pojawili się tam na początku XVI wieku, ale nigdy nie stały się one częścią ich morskiego imperium. Także oni uważali Czagos za mało atrakcyjny fragment świata. Po Portugalczykach przyszli Francuzi. W 1786 roku pretensje do Czagos zgłosili Brytyjczycy, którzy tak naprawdę kontrolę nad wyspami przejęli w 1814 roku.
Pierwsi stali mieszkańcy wyspy przypłynęli na Czagos w XVIII wieku. Byli nimi trędowaci z Mauritiusa. Francuzi kontrolujący wtedy ten obszar zamierzali uczynić z Czagos dochodowy ośrodek osadnictwa. W praktyce oznaczało to założenie plantacji palm kokosowych. Większość pracowników tych plantacji stanowili Afrykanie. Przetrwały one do połowy dwudziestego stulecia, podobnie, jak ich pracownicy afrykańskiego i południowoazjatyckiego pochodzenia.