Pewne grupy glonowców (lęgniowce) w istocie są spokrewnione z pewnymi grupami glonów (złotowiciowce, różnowiciowce, okrzemki, brunatnice), co wiąże się z podobieństwem (obecność celulozy w ścianie komórkowej, budowa syfonalna plechy, liczba i ułożenie wici i in.), podczas gdy pozostałe nie wykazują pokrewieństwa.
Systematyka W czasie, gdy glonowce uważano za naturalny takson, dzielono go na następujące kategorie:
grupa Myxochytrydiales – budowa monadowa i nagie protoplasty, jedna lub dwie wici, czasem przedstawiciele włączani do innych taksonów podklasa jednowiciowce (Uniflagellatae) – jedna wić popychająca rząd skoczkowce (biczykowe, Chytridiales) (pragrzyby Archimycetes) – nagi protoplast lub ściana chitynowa, zdarza się rozmnażanie płciowe, głównie izogamia, np. Synchytrium endobioticum, Olpidium brassicae rząd blastokladiowce (różnogametowce, Blastocladiales) – wielojądrowe, rozgałęzione strzępki, uwicione gamety, ściana chitynowa, częste rozmnażanie płciowe, izogamia i anizogamia, przemiana pokoleń, np. Blastocladiella variabilis rząd jednorzęskowce (Monoblepharidales) – wielojądrowe, rozgałęzione strzępki, uwicione plemniki i zoospory, ściana celulozowa, częste rozmnażanie płciowe, oogamia, np.