Turkom udało się jednak zatrzymać kontratak i zmusić wojska mameluckie do ucieczki 3 km na północ (wzdłuż Nilu).
Walki w Kairze Wojska osmańskie wkroczyły 26 stycznia na przedmieścia Kairu. Zdobyto cytadelę i wymordowano garnizon czerkieski. Selim I wraz z częścią armii zatrzymał się na wyspie w pobliżu dzielnicy Bulaq. Jego nowy wezyr Yunus Pasza wkroczył do centrum miasta 27 stycznia, aby powstrzymać grabież i gwałty. Kalif Al-Mutawakkil III rozpoczął modły w mieście w imieniu Selima. Wieczorem 27 stycznia Tumanbaj wraz z 7000 żołnierzy (w tym Beduinów) zaskoczył i pokonał oddział turecki stacjonujący w stolicy. Sytuacja zmieniła się jednak diametralnie, gdy o północy Selim ściągnął do miasta artylerię, by zburzyć mameluckie umocnienia. Mamelucy wycofali się na poprzednie pozycje. Walki trwały do 30 stycznia, kiedy to Tumanbaj wraz z resztkami swej armii opuścił ostatni szaniec obrony w pobliżu kairskiej cytadeli i po przekroczeniu Nilu udał się do Gizy, a później do górnego Egiptu. Selim powrócił do swego obozu na wyspie i nad swym namiotem wywiesił biało-czerwoną flagę na znak amnestii. Mimo to zabito ok. 800 jeńców. Amnestię rozszerzono później na wszystkich emirów Egiptu. Dzięki prośbom kalifa skończyły się rzezie i grabież w mieście.