W 1769 wrócił do Neapolu. Jego późne opery nie cieszyły się już takim powodzeniem, gdyż włoska publiczność preferowała opery buffa. Dwie jego ostatnie opery wygwizdano. Zwłaszcza mierny sukces opery Ifigenia in Tauride (1771) zniechęcił go do dalszej twórczości operowej i Jommelli poświęcił się całkowicie muzyce kościelnej.
Dokonania Jommelli jest obok Tommasa Traetty najwybitniejszym przedstawicielem późnej szkoły neapolitańskiej. W jego operach zaznaczyła się tendencja do integracji formy, m.in. w wiązaniu uwertury z akcją dramaturgiczną, zastosowaniu recitativo obligato z akompaniamentem orkiestry w momentach napięcia dramatycznego, wstawianiu intermezzo baletowych w operach poważnych, a także rozbudowanie znaczenia partii orkiestrowych ze szczególną rolą instrumentów dętych oraz partii chóralnych. Przesunął punkt ciężkości przedstawienia operowego z popisów solistów na bardziej zintegrowany popis całego zespołu odnoszący się do dramatycznego posłania libretta. W niezwykle umiejętny sposób połączył niemiecką złożoność, francuską dekoracyjność i włoskie brio.
Dzieła Opery Chronologicznie według wystawień (zawiera zatem powtórzenia), na podst.