Pierwsze starcia (1847–64) W latach tych Modokowie atakowali grupy emigrantów na szlaku Applegate – pierwszy z nich zginął pod koniec 1846. W 1847 pomiędzy jeziorami Tule i Goose miało zginąć 24 emigrantów. Kolejnych 18 zginęło w 1849 koło Bloody Point – „ulubionego” miejsca ataków na białe karawany, które urządzały w tym punkcie nad jeziorem Tule postój po ciężkiej przeprawie przez góry.
We wrześniu 1850 Modokowie zaatakowali dużą grupę emigrantów koło jeziora Tule. Spośród około 90 tylko 1 – ranny – uszedł z życiem. Była to jedna z największych w historii USA masakr karawan emigrantów. W 1851 Modokowie atakowali obozy poszukiwaczy złota i kradli im konie. Po tych wydarzeniach miejscowi biali zorganizowali patrole do obrony karawan na szlaku Applegate. Tylko dzięki tym patrolom uniknęła masakry kolejna karawana. Kiedy w ciągu jednej nocy Modokowie uprowadzili górnikom z górniczego miasteczka Yreka 46 koni i mułów, zorganizowali oni zbrojną milicję w celu nauczenia tubylców „szacunku dla mienia białych”. Na jej czele stanął „łowca skalpów” – Ben Wright, który przybył z Indiany.