Wykonanie wyroku wyznaczono na 23 kwietnia 1920.
Matka Strouda napisała do prezydenta Wilsona i na 6 dni przed wykonaniem wyroku śmierci 15 kwietnia 1920 został on wstrzymany. Prezydent wstrzymał wykonanie kary, z zamianą na karę dożywotniego więzienia w izolatce.
Więzienie W więzieniu Stroud zaczął czytać książki na temat ptaków, w szczególności kanarków. Otrzymał pozwolenie na hodowlę ptaków w celi. Przez lata odosobnienia napisał dwie książki na temat ptasich chorób; opracował też na nie lekarstwa. Zaczął regularnie korespondować z ornitolożką Dellą Mae Jones, w wyniku czego w 1931 roku zaczęli wspólnie sprzedawać opracowane przez siebie leki. Della Mae Jones została później jego żoną.
19 grudnia 1942 roku Stroud został przeniesiony do Alcatraz. Tamtejszy sędzia orzekł, że podejrzany miał prawo do pisania i przechowywania rękopisów, utrzymał jednak w mocy decyzję naczelnika więzienia o zakazie publikacji. W 1943 roku Stroud został zbadany przez psychiatrę Romneya M. Ritcheya, który zdiagnozował go jako psychopatę o IQ równym 112.