Objęcie władzy przez Rajoelinę spowodowało kilkumiesięczny kryzys polityczny. Demonstracje rozpoczęli zwolennicy obalonego prezydenta Ravalomanany, wspierani przez niego z zagranicy. Nowa władza podjęła działania zmierzające do konsolidacji i legitymizacji swoich rządów, m.in. próbując ustalić kalendarz wyborczy. W maju 2009 rozpoczęły się wielostronne negocjacje polityczne, mające na celu wypracowanie wspólnego stanowiska wszystkich sił politycznych. W proces pokojowy zaangażowała się Unia Afrykańska i Wspólnota Rozwoju Afryki Południowej. 9 sierpnia 2009, w czasie negocjacji w Mozambiku, strony konfliktu podpisały porozumienie, zakładające wspólne utworzenie władz przejściowych i organizację w ciągu 15 miesięcy nowych wyborów prezydenckich pod międzynarodowym nadzorem. Pomimo zawarcia porozumienia punktem spornym pozostawał przez cały czas podział najważniejszych stanowisk we władzach przejściowych. W październiku w Antananarywie i w listopadzie w Addis Abebie zawarty został kompromis w sprawach ogólnych. Nierozwiązany został natomiast problem szczegółowego podziału tek w przejściowym gabinecie.