W połowie 2005 roku Courtois podpisał kontrakt z hiszpańskim Levante UD z Segunda División. W 2006 roku wywalczył z nim awans do Primera División. W tych rozgrywkach zadebiutował 29 sierpnia 2006 roku w przegranym 0:4 spotkaniu z Sevillą. W 2008 roku spadł z Levante do drugiej ligi. Wówczas opuścił drużynę.
W 2008 roku przeszedł do francuskiego pierwszoligowca Grenoble Foot 38. Pierwszy ligowy mecz zaliczył tam 23 sierpnia 2008 roku przeciwko Olympique Lyon (0:2). W 2010 roku spadł z Grenoble do Ligue 2. Jego barwy reprezentował jeszcze przez rok.
W 2011 roku Courtois podpisał kontrakt z amerykańskim CD Chivas USA. W MLS po raz pierwszy wystąpił 13 sierpnia 2011 roku w zremisowanym 0:0 pojedynku ze Seattle Sounders. W 2013 roku przeszedł w Los Angeles Galaxy.