Jeszcze w trakcie studiów zetknął się z pierwszymi jezuitami – m.in. Franciszkiem Estrada i Piotrem Fabrem. Podczas pobytu w Paryżu w 1547 r. odprawił miesięczne rekolekcje, tzw. Ćwiczenia duchowne, pod kierunkiem Pawła d'Achille i zdecydował o wstąpieniu do jezuitów. Przez kilka lat kontynuował w Paryżu studia teologiczne głosząc kazania w kościele kartuzów. W 1551 r. Ignacy Loyola wezwał go do Rzymu powierzając różne odpowiedzialne funkcje – m.in. ministra domu profesów w Rzymie, organizatora i rektora nowego kolegium jezuickiego w Perugii, komisarza zakonnej prowincji Dolnych Niemiec i Niderlandów. Nowy generał jezuitów Jakub Lainez mianował Mercuriana prowincjałem tejże prowincji. Zgodnie ze swoim przekonaniem, które wyłożył podczas Kongregacji Generalnej, że kolegia stanowią najlepszą barierę dla rozpowszechniania się protestantyzmu, w krótkim czasie i nie bez przeszkód doprowadził do otwarcia 2 nowych kolegiów w Nadrenii (Trewir i Moguncja) i 3 w Niderlandach (Tournai, Cambrai i Dinant).