Szybko podnosił swoje kwalifikacje i w kwietniu 1946 obronił rozprawę doktorską Wpływ niektórych związków koloidowych na pobieranie azotanu amonu i fosforanu amonu przez korzenie roślin. W latach 1949–1951 był adiunktem w Katedrze Chemii Rolnej oraz wykładowcą w Państwowej Szkole Ogrodniczej.
W 1952 przystąpił do organizacji i został pierwszym kierownikiem Katedry Mikrobiologii Rolnej. Jednostka ta weszła już w skład innej uczelni – Wyższej Szkoły Rolniczej w Poznaniu. Duda należał do najaktywniejszych organizatorów Wyższej Szkoły Rolniczej i od początku jej istnienia pełnił szereg funkcji organizacyjnych; w latach 1952−1953 był prodziekanem Wydziału Rolniczego i kierownikiem Studium Ogrodniczego przy tym wydziale, w roku akademickim 1953/1954 oraz 1956/1957 pełnił funkcję prorektora. Wiele starań włożył w budowę i rozbudowę akademików na Sołaczu i Winogradach. W 1954 mianowany został docentem, a w 1959 – profesorem nadzwyczajnym.