Ostatni znany egzemplarz złowiła załoga kutra poławiającego śledzie w 1996 w pobliżu estońskiej wyspy Muhu. Ryba miała długość 2,9 m i masę ciała 136 kg, jej wiek oceniono na 50 lat. Był to trzeci jesiotr złowiony w Bałtyku od 1992 roku.
Według Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt jesiotr bałtycki jest gatunkiem zanikłym w Polsce (kategoria EXP). Od lat 40. XX wieku nie stwierdzono obecności osobników młodocianych. Ostatnie osobniki notowano na terenie Polski w 1965 w dolnym biegu Wisły, w okolicach Chełmna oraz w ujściu Wisły w 1971, a prawdopodobnie ostatniego z populacji bałtyckiej złowiono w maju 1996 w Estonii. Od 1996 prowadzone są prace zmierzające do restytucji jesiotra w polskich wodachRestytucja jesiotra bałtyckiego, 2007 – red. R. Kolman, Wyd. IRS.. Prace te koordynuje Instytut Rybactwa Śródlądowego w Olsztynie we współpracy z Instytutem Ekologii Wód i Rybactwa Śródlądowego w Berlinie w ramach Projektu Restytucji Ryb Wędrownych w Polsce. W ramach tych działań – pod koniec 2009 roku – wypuszczono do Zatoki Pomorskiej ponad 100 oznakowanych osobników jesiotra ostronosego o średniej długości ok. 1,2 m i masie powyżej 10 kg. W reintrodukcji wykorzystuje się jesiotry z St John River, które są genetycznie najbardziej zbliżone do wymarłych populacji jesiotrów bałtyckich.