W 1904 roku nie ukończywszy jeszcze odbywania kary zesłania, opuścił nielegalnie Rosję i wyjechał do Szwajcarii oraz Paryża, gdzie włączył się w działalność bolszewików przebywających na emigracji. W trakcie działalności popadł w konflikt z Włodzimierzem Leninem. Bogdanow wierzył, że kultura socjalistyczna musi być wypracowana przez proletariat, Lenin stał z kolei na stanowisku awangardy socjalistycznej inteligencji przewodzącej klasie robotniczej. Bogdanow przyjął też tezy Ernsta Macha, które Lenin uważał za sprzeczne z marksizmem. Skonfliktowani działacze w kwietniu 1908 roku na krótko udali się na wspólne wakacje do willi Gorkiego na Capri. Bogdanow związał się tam z grupą literacko-edukacyjną Capri, założoną przez Gorkiego. Po powrocie do Paryża konflikt odżył, a Lenin zachęcał bolszewików do wykluczenia Bogdanowa i jego stronników z ruchu, oskarżając go o odejście od doktryny marksistowskiej. W maju 1908 roku Lenin napisał Materializm i empiriokrytycyzm stanowiący atak na Bogdanowa. Atak Lenina na Bogdanowa rozzłościł coraz większą liczbę bolszewików, w tym jego bliskich zwolenników – Aleksieja Rykowa i Lwa Kamieniewa.