Stąd w XIV wieku emigranci suficcy założyli niezależne współpracujące z Persją sułtanaty w Bidźapurze i Golkondzie.

Wielcy Mogołowie thumb|100px|Baber, założyciel dynastii Mogołów thumb|left|150px|Obraz przedstawiający młodego Akbara

Rozproszone muzułmańskie państewka zostały na początku XVI wieku podbite przez Babera, potomka Timura i Dżyngis-chana. Stał się on założycielem dynastii Timurydów, zwanych Wielkimi Mogołami. Jego wnuk, Akbar zjednoczył północne Indie i rozwinął kulturę islamską, która w kolejnych dwóch wiekach osiągnęła szczyt wyrafinowania w sztuce. Sukcesem Akbara było też zniesienie podatku dżizji, zachęta do wzajemnego przejmowania obyczajów między hindusami i muzułmanami a także tolerancja dla wiary każdego. Wpłynęło to na powstanie z połączenia islamu i hinduizmu nowego wyznania – sikhizmu i na stworzenie w Pendżabie państwa sikhów. Akbar, który pozostawiał sobie ocenę tego, co zgodne z szariatem, wzbudził opozycję wśród ulemów. Przedmiotem ich niezadowolenia mogło być też jego marzenie o jednej religii dla całych Indii (przy czym nie chodziło o narzucenie islamu, ale syntezę).