FIS Cup w skokach narciarskich 2006/2007 – 2. edycja FIS Cupu, która rozpoczęła się 30 czerwca 2006 w Bischofshofen, a zakończyła 10 marca 2007 w Sapporo. W Polsce rozegrano dwa konkursy cyklu – w Zakopanem.
W całym sezonie odwołanych zostało czternaście konkursów z powodu zbyt wysokich temperatur, a rozegranych zostało piętnaście.
Zdobywcą tytułu został Nicolas Fettner, któremu tylko raz udało się wygrać zawody w ramach cyklu. Drugie miejsce zajął jego rodak Stefan Innerwinkler, a trzeci był Pawieł Karielin. Drużynowo po raz drugi z rzędu najlepsza była reprezentacja Austrii.
Kalendarz i wyniki Lp.DataMiejscowośćHSUwagi 1. miejsce2. miejsce3. miejsce1.30 czerwca 2006 Bischofshofen HS-78– Stefan Kaiser Anže Obreza Pawieł Karielin2.1 lipca 2006 Stefan Kaiser Anže Obreza Petr Ermis16 lipca 2006 Garmisch-Partenkirchen HS-89–colspan=3 3.16 lipca 2006 Arthur Pauli Roland Müller David Unterberger4.2 września 2006 ÖrnsköldsvikHS-100– Stefan Innerwinkler Pawieł Karielin Anders Johnson5.3 września 2006 Nicolas Fettner Stefan Innerwinkler Pawieł Karielin6.7 października 2006 EinsiedelnHS-77– Stefan Innerwinkler Trevor Morrice Nicolas Fettner7.8 października 2006HS-117– Stefan Innerwinkler Markus Eggenhofer Kim-Arild Tandberg9 grudnia 2006 Kuopio HS-98Konkurs odwołany z powodu wysokich temperatur i braku śniegu.colspan=3 10 grudnia