Został dowódcą III odcinka „Wachlarza”. Osobiście brał udział w wielu akcjach dywersyjnych m.in. w wysadzaniu transportów wojskowych na linii Brześć – Mińsk i Mińsk – Homel. Przy okazji likwidowani byli konfidenci Gestapo. Podczas jednej z nocnych wędrówek „Wania” złamał pechowo nogę. Na kwaterze został przypadkowo aresztowany przez białoruską policję szukającą ukrywających się Żydów. Mimo dobrze podrobionych dokumentów nie został zwolniony i trafił do więzienia w Pińsku. Niemcy odkryli, że dokumenty są fałszywe i podejrzewali, kim jest „Wania" naprawdę. Zaczęły się brutalne przesłuchania połączone z torturami. Po latach dr Paczkowski wspominał o tym ze swoistym humorem:
Brawurową akcję rozbicia więzienia w Pińsku w dniu 18 stycznia 1943 przeprowadziła grupa dywersyjna pod dowództwem por. Jana Piwnika „Ponurego”. Uwolniono kilkudziesięciu więźniów, w tym także „Wanię”. Po wypoczynku w Warszawie dr Paczkowski powrócił do konspiracji. Najpierw został szefem Kedywu Obszaru Białystok, a później dowódcą 84 pułku piechoty w ramach 30 Dywizji Piechoty AK. W boju pod Mańczakami został ciężko ranny i ponownie do zdrowia wracał w Warszawie, gdzie zdążył wykurować się do wybuchu powstania warszawskiego. W czasie powstania – jako ranny – w walkach praktycznie nie uczestniczył.