Całość sił podlegała naczelnikowi Zarządu Morskiego Sił Zbrojnych Południa Rosji. Wkrótce Dońska Flotylla Transportowa zyskała samodzielność. Szlak bojowy Flotylli Dońskiej zakończył się wiosną 1919, kiedy doszła ona do ujścia Donu do Zatoki Taganroskiej. Tym samym z wojsk bolszewickich została oczyszczona cała linia rzeki. Część załóg i część statków zostały przetransportowane na rzekę Wołgę i Dniepr, gdzie posłużyły jako baza do sformowania nowych flotylli rzecznych. Natomiast oddział morski wraz z częścią statków rzecznych utworzył Oddział Statków Specjalnego Przeznaczenia, działający przy wybrzeżu Morza Azowskiego.
Bibliografia Siergiej W. Wołkow, Белое движение. Энциклопедия гражданской войны, 2003 Historia Flotylli Dońskiej (jęz. rosyjski)
Kategoria:Flotylle rzeczne Białej Armii Kategoria:Jednostki organizacyjne Białej Armii utworzone w 1918 Kategoria:Jednostki organizacyjne Białej Armii rozwiązane w 1919