Tekst główny stanowił textus receptus wydany przez Roberta Stefanusa w 1550 roku, jednak przypisy zawierały wszystkie dotychczas znane warianty tekstowe oraz znaczną liczbę nowych, dostarczonych przez zbadane przez Milla nowe manuskrypty, a także rękopisy wschodnie (które jednak stosował jedynie w przekładzie łacińskim). Chociaż liczba wariantów tekstowych podawanych przez Milla jest mała w porównaniu z współczesnymi wydaniami, prawdopodobnie nie ma żadnej osoby, z wyjątkiem Tischendorfa, która wniosłaby dla krytyki tekstu tak wiele nowego materiału. W jednej ze swych wypowiedzi zauważył zgodność świadectw łacińskich z Kodeksem Aleksandryjskim, jedynym znanym wówczas wschodnim rękopisem; ze wzmianki tej skorzystał Richard Bentley.
Mill zidentyfikował ok. 30 000 różnych wariantów tekstowych. Dzieło Milla zaniepokoiło tych, którzy obawiali się, że zostanie ono wykorzystane przez wrogów Kościoła by zdyskredytować wiarygodność Biblii. Jednym z głównych krytyków był Daniel Whitby, który w swym dziele Examen Variantium Lectionum Johannis Milii zawarł wiele agresywnych insynuacji w stosunku do samego Milla. Wkrótce potem deistyczny filozof Anthony Collins skorzystał z okazji, by podważyć wiarygodność Pisma w dziele A Discourse of Freethinking.