Austro-Węgry Chorwaccy biskupi dążyli do uniezależnienia się od zwierzchnictwa arcybiskupów węgierskich. Dopiero w 1852 diecezję zagrzebską wyniesiono do godności archidiecezji. Tym samym utworzono pierwszą chorwacką metropolię (metropolia chorwacko-słoweńska). W XIX wieku rozwijało się szkolnictwo i ruchy katolickie.
Królestwo Jugosławii W okresie międzywojnia Kościół katolicki w Chorwacji, wchodzącej w skład Królestwa Jugosławii, działał na ogół swobodnie, choć Serbski Kościół Prawosławny (de facto religia państwowa) prowadził działalność misyjną na terenach tradycyjnie katolickich. Utworzenie Jugosławii Kościół początkowo przyjął pozytywnie, choć część przedstawicieli duchowieństwa wolałaby, aby przetrwało państwo austro-węgierskie. Poparcie kleru zaczęło jednak szybko słabnąć, a duchowni uznali, że rządy jugosłowiańskie odebrały Kościołowi dawne przywileje. Nowa władza stała się według hierarchów wroga „obcym” (innym niż „narodowy” Kościół prawosławny) instytucjom religijnymBiondich (2006), s. 434Biondich (2005), s. 80Kolsto (2011), s. 41. Kolejna fala pogorszenia stosunków nastąpiła po zabójstwie chorwackiego polityka Stjepana Radicia i ogłoszeniu dyktatury królewskiej w 1929 rokuOgyanova (2009), s. 167.