Dioskur pozostawał w dobrych stosunkach z Eutychesem, który dzięki przyjaźni z eunuchem Chryzafiosem posiadał znaczne wpływy na konstantynopolitańskim dworze. To dzięki nim udało mu się doprowadzić do tego, iż cesarz Teodozjusz II (408 - 450) udzielił Flawianowi nagany za potępienie Eutychesa i zwołał do Efezu kolejny sobór pod przewodnictwem Dioskura. Ponadto na mocy edyktów zwołujących sobór Flawian i najwybitniejszy teolog stronnictwa duofizyckiego, związany z Antiochią Teodoret z Cyru, zostali wykluczeni z obrad. Na pierwszym posiedzeniu (8 sierpnia 449) Dioskur z pomocą Juwenalisa z Jerozolimy uniemożliwił papieskim legatom odczytanie Tomus ad Flawianum. Dioskur wezwał Eutychesa by ten mówił sam za siebie, zaś ten pisemnie ogłosił swoje przywiązanie do nicejskiego wyznania wiary i uznanych wcześniej za prawowierne sformułowań Cyryla. To wystarczyło soborowi do całkowitej rehabilitacji Eutychesa i przywrócenia go na jego urząd. Pomimo tego że przekonanie do tego biskupów okazało się znacznie trudniejsze, Dioskur doprowadził także do zdjęcia z urzędu Flawiana, który zmarł w drodze na wygnanie, zaś jego zwolennicy zostali brutalnie potraktowani przez cesarską gwardię działającą pod wpływem Chryzafiosa.