Tam w obozie doszło do wypadku – przypadkowo wypalił karabin i śmiertelnie ranił Gilliama. Dowództwo przejął po nim podpułkownik James Waters, tymczasem Lee objął stanowisko Inspektora do spraw Indian po Palmerze, który zrezygnował. Tymczasem sytuacja Cayuse stawała się coraz cięższa. Nie udało im się stworzyć silnego sojuszu, ich siły były też osłabiane podziałami wewnętrznymi. Część Cayuse przebywała wśród plemienia Palouse, część uciekła w górę Burnt River, zaś wódz Pięć Kruków leczył rany w dolinie Wallowa u wodza Nez Percé Józefa. Kilka grup Cayusów np. wodza Welptulketa znajdowało się „pod ochroną” wojska (w faktycznym areszcie). W centrum zaś ziem Cayusów (dolina Walla Walla) siedziały siły Watersa, które rozbudowały fort w miejscu zniszczonej misji Whitmanów i nazwały go Fort Waters. Jednocześnie zaczęły szerzyć się choroby, które niszczyły plemię skuteczniej niż kule.