także według analizy Andradego i Bertiniego (2008) Anatosuchus nie należał do Notosuchia, lecz był taksonem siostrzanym do kladu tworzonego przez Araripesuchus i grupę Neosuchia. Cechy podniebienia Anatosuchus, które początkowo uznano za łączące go z Comahuesuchus, okazały się efektami erozji, a dodatkowe skamieniałości opisane w 2009 roku potwierdziły, że rodzaje te nie są najbliższymi krewnymi, co wsparła analiza filogenetyczna przeprowadzona Sereno i Larssona, która zasugerowała, że Anatosuchus należał do Notosuchia, a najbliżej spokrewnione z nim są Simosuchus i Uruguaysuchus. Z kolei według analizy Fiorellego i Calvo (2007) Anatosuchus należał do Peirosauridae i był taksonem siostrzanym rodzaju Uberabasuchus; według tej analizy Peirosauridae tworzyły nierozwikłaną trychotomię z kladami Notosuchia i Neosuchia. Również według późniejszej (2008) analizy tych samych autorów najbliższymi krewnymi Anatosuchus byli przedstawiciele rodziny Peirosauridae oraz rodzaj Mahajangasuchus; nie jest jednak pewne, czy taksony te należały do Notosuchia czy do Neosuchia.