Ze względu na szereg nieszczęść i katastrof, jakie spotykają misję (powodzie, trzęsienia ziemi, kradzieże i bunty Indian), otrzymuje ona potoczną nazwę „Misja Niepowodzeń” ang. Bad Luck Mission. W 1857 roku trzęsienie ziemi niszczy kościół misji, po latach zostaje on zrekonstruowany. W roku 1989 miejscowość nawiedza kolejne duże trzęsienie ziemi. W latach 60. ubiegłego stulecia w Santa Cruz i pobliskim Monterey rodzi się ruch hipisów i lansowane jest wśród młodzieży zażywanie LSD.
Współczesność Odbudowane po trzęsieniu ziemi Santa Cruz jest typowym miasteczkiem turystycznym z licznymi hotelami i pensjonatami i jest bazą wypoczynkową dla niedalekiego San Francisco. Główne atrakcje to piękne wybrzeże klifowe.
Inne atrakcje to drewniane molo z licznymi restauracjami, jedna z najstarszych w Stanach Zjednoczonych drewniana kolejka górska Giant Dipper licząca około 80 lat oraz murowana latarnia morska z prywatnym muzeum surfingu.
Port jachtowy jest zapleczem dla amatorów żeglarstwa.