W listopadzie 1982 został aresztowany w wyniku denuncjacji, przedstawiono mu propozycję uzyskania niskiej kary w zamian za prorządowe wystąpienie w telewizji, którą odrzucił. W grudniu 1982 skazano go na karę czterech lat pozbawienia wolności, orzekając trzyletnie pozbawienie praw publicznych. Został osadzony w areszcie śledczym we Wrocławiu, następnie więziony w zakładach karnych w Kłodzku, Strzelinie i Barczewie. Podczas śledztwa i w trakcie odbywania kary zmuszany był przez funkcjonariuszy SB do ujawnienia miejsca ukrycia związkowych pieniędzy. 15 maja 1984 podjął próbę samobójczą. Po zwolnieniu na mocy amnestii od lipca 1984 do marca 1985 przebywał w szpitalach, gdzie przeszedł kilka operacji.

Od 1987 wchodził w skład jawnej RKW. W okresie III RP w latach 1990–1995 zasiadał w zarządzie regionu „Solidarności” jako jego wiceprzewodniczący, od połowy lat 90. pracował w Zakładzie Ubezpieczeń Społecznych.

Pochowany na cmentarzu Grabiszyńskim we Wrocławiu.

W nakręconym w 2011 filmie 80 milionów w postać Piotra Bednarza wcielił się Maciej Makowski. [dostęp 2012-09-08].. W tym samym roku na murze gmachu szkoły podstawowej w rodzinnej miejscowości Piotra Bednarza odsłonięto poświęconą mu tablicę.