Okres staropolski 1638-1772 Pierwsi zakonnicy przybyli do Bydgoszczy z kolegium poznańskiego w 1616 roku i zajęli pomieszczenia przy kościele parafialnym. Sprowadzenie nowego zakonu odbyło się w kontekście znacznego poparcia władz miejskich, części mieszczan oraz dziekana Kapituły Kujawskiej (późniejszego biskupa chełmińskiego) Kaspra Działyńskiego. W 1619 zakonnicy założyli w mieście swoją rezydencję, a przy niej szkołę gramatyki. Był to początek owocnej działalności oświatowej, której rozwinięciem było później powołanie pełnoprawnego kolegium jezuickiego w Bydgoszczy (1647)Alabrudzińska Elżbieta. Kolegium jezuickie w Bydgoszczy w XVII i XVIII w. In. Kronika Bydgoska XI (1989). Bydgoszcz 1991.
Biskup chełmiński uposażył jezuitów w wieś Płonkowo, kamienicę w Bydgoszczy oraz przekazał w 1638 r. cudowny krzyż z relikwiami. Wtedy to podjęto decyzję o wezwaniu nowo budowanego kościoła – Świętego Krzyża. Jezuici sprowadzili do budowy wysokiej klasy rzemieślników: brata zakonnego - muratora Wojciecha Przybyłkiewiczauprzednio pracującego przy wznoszeniu kościołów i innych budynków w jezuickich kolegiach w Ostrorogu (1627–1636, 1640–1641), Jarosławiu (1636–1639) oraz Brześciu Litewskim (1642–1644) i złotnika M. Małczykiewicza – wykonawcy ołtarza.