Matka Tsunayoshiego była adoptowaną córką rodu Honjō z Kioto, na którego czele stał Munemasa Honjō. Jej biologiczni rodzice trudnili się sprzedażą żywności. Keishōin była bardzo bliska Tsunayoshiemu. Jego brat Ietsuna korzystał podczas swych rządów z rad regentów, a Tsunayoshi cały czas polegał na radach swej matki, aż do jej śmierci.
Iemitsu Tokugawa zmarł w roku 1651, kiedy Tsunayoshi miał pięć lat. Nowym siogunem został Ietsuna Tokugawa. Szczegóły z życia Tsunayoshiego podczas rządów Ietsuny nie są znane. Wiadomo tylko, że nigdy nie doradzał swojemu bratu.
Dyskusyjna sukcesja (1680) Siogun Ietsuna zmarł w roku 1680 w wieku 39 lat. Rozpoczęły się dyskusje dotyczące wyboru następcy. Tadakiyo Sakai, jeden z najbliższych doradców Ietsuny, proponował nie przekazywać pozycji sioguna członkowi rodu Tokugawa, lecz przedstawicielowi rodu cesarskiego, faworyzując jednego z synów cesarza Go-Sai (podobny zabieg został przeprowadzony podczas siogunatu Kamakura). Wkrótce Tadakiyo został zdymisjonowany.
Masatoshi Hotta, jeden z najwybitniejszych doradców za rządów Ietsuny, jako pierwszy zaproponował Tsunayoshiego na pozycję sioguna. Za Tsunayoshim przemawiało jego bliskie pokrewieństwo z trzecim i czwartym siogunem rodu Tokugawa.