Represje Atak na jakobinów thumb|180px|Joseph Fouché Napoleon bezpośrednio po zamachu uznał, że był on dziełem jakobinów, którzy zachowali pewne wpływy wśród ubogich mieszkańców Paryża. Na jego polecenie zatrzymano w mieście dwóch znanych aktywistów jakobińskich: Metge'a, autora pamfletu politycznego, w którym porównywał Napoleona do Juliusza Cezara, oraz Chevaliera, który eksperymentował ze środkami wybuchowymi i był podejrzewany o chęć zabicia pierwszego konsula. Zatrzymań dokonano mimo perswazji ministra policji Josepha Fouché, który od początku wskazywał na środowiska rojalistyczne, jako najbardziej prawdopodobnych organizatorów zamachu. Bonaparte nie wierzył jednak, że osłabieni szuanie byli jeszcze w stanie przygotować tego rodzaju akcję, postanowił też wykorzystać zamach jako pretekst do ostatecznej rozprawy z jakobinami.
Łącznie aresztowano 133 jakobinów lub osób związanych z tym środowiskiem. Ich zatrzymania były prowadzone nawet po ustaleniu sprawstwa szuanów, a Bonaparte odmówił ich ułaskawienia. Spośród aresztowanych 130 osób zostało skazanych na deportację na Seszele, wyspę Ré i Oléron, bez procesu sądowego, ani możliwości odwołania się od wyroku.