Fernelius zasadniczo, poza patologią, był zwolennikiem i naśladowcą Galena, stąd należy go zaliczyć do lekarzy tradycjonalistów. Z tego powodu, był poddawany dość intensywnej krytyce przez lekarzy nowoczesnych, będących zwolennikami Paracelsusa, a zwłaszcza Miguela Serveta oraz Vesaliusza. Mimo tradycyjnego pojmowania roli krwi i jej obiegu (Galen tu się mylił całkowicie) to właśnie Fernelius w 1542 roku zaobserwował skurcz komór serca oraz tego skutek, to znaczy poszerzenie tętnic wskutek wypełnienia ich krwią i duchem życia. Fernelius ma największe zasługi w reformowaniu słownictwa dotyczącego patologii. Odróżniał odczucia wywołane chorobą od obiektywnych symptomów choroby oraz wyróżniał choroby całego ciała i poszczególnych organów.
W traktacie "De abditis rerum causis" z 1548 rozróżnia choroby epidemiczne i endemiczne (lokalnie występujące), a także choroby zaraźliwe oraz powodowane przez kontakt, takie jak syfilis. Opisuje słoniowaciznę oraz wściekliznę, pomijane przez ówczesnych medyków.
W 1556 zmarła żona Ferneliusa, a dwa lata później on sam umarł na raka wątroby.