Po wybuchu II wojny światowej wyjechał do Lwowa, później do ZSRR. W 1942 pracował jako ilustrator wydawanego przez Wandę Wasilewską czasopisma „Nowe Widnokręgi”. Zaciągnął się do Ludowego Wojska Polskiego. W 1 Dywizji Piechoty im. Tadeusza Kościuszki pełnił funkcje kronikarza i ilustratora oraz projektował scenografię do przedstawień Teatru 1 Armii Wojska Polskiego. Od 1944 pracował przy organizacji Resortu Kultury i Sztuki, w grudniu 1944 był zastępcą kierownika tego resortu. 31 grudnia 1944 został posłem do Krajowej Rady Narodowej, reprezentując Polską Partię Robotniczą. W 1945 został dyrektorem Departamentu Plastyki Ministerstwa Kultury i Sztuki.

Po wojnie wrócił do Warszawy. W latach 1946–1965 piastował stanowisko profesora Akademii Sztuk Pięknych. Dwukrotnie pełnił funkcję dziekana Wydziału Malarstwa oraz prorektora uczelni. W 1964 zyskał tytuł profesora zwyczajnego.

Od 1948 był członkiem Polskiej Partii Robotniczej.

Prace Aleksandra Rafałowskiego znajdują się w wielu kolekcjach prywatnych w kraju i na świecie (np. w USA, Francji, Szwajcarii) oraz w zbiorach muzealnych, m.in.