W 1996 roku ośrodek przeprowadził pierwsze kursy na stopnie kapitana i starszego oficera, zakończone egzaminem państwowym przed Komisją Egzaminacyjną Urzędu Morskiego w Gdyni. W tym samym roku wprowadził kursy poświęcone Międzynarodowemu Kodeksowi Zarządzania Bezpieczną Eksploatacją Statku i Zapobieganiem Zanieczyszczeniom (ISM Code) oraz wprowadzał programy nowych kursów wynikających z konwencji STCW z 1995 roku. Do końca 1997 roku ośrodek współpracował z około stu wykładowcami, w tym z zespołem zdolnym do prowadzenia wszystkich kursów w języku angielskim. Do marca 1998 roku przeszkolił około 8292 osoby na kursach krótkich i około 200 osób na kursach oficerskich.
Drugim z ośrodków tworzących podstawę Szkoły Morskiej było „AGMOR” Morskie Centrum Szkolenia. Podmiot powstał w 1996 roku, a 12 sierpnia rozpoczął stały cykl kursów na świadectwo operatora GMDSS. Przygotowując program, korzystali ze współpracy firmy TRANSAS, producenta morskiego sprzętu szkoleniowego, oraz ze wsparcia specjalistów w dziedzinie radiokomunikacji morskiej. Program szkolenia opracowano zgodnie z wymaganiami konwencji STCW.