Opady deszczu skupiają się w półroczu zimowym, a od maja do września deszcz pada rzadko. Opady letnie wynoszą od 9 mm do 20 mm, w listopadzie sięgają 110 mm, średnia roczna wynosi około 700 mm.
thumb|Ukształtowanie terenu w Watykanie Ukształtowanie terenu Watykan położony jest na Wzgórzu Watykańskim (łac. Mons Vaticanus). Rozpiętość pomiędzy najniższym (19 m n.p.m.) i najwyższym (75 m n.p.m.) punktem w Watykanie wynosi 56 metrów. Państwo nie posiada bogactw naturalnych. Obszar enklawy leży w strefie niziny nadbrzeżnej ciągnącej się równolegle do łańcucha Apeninów.
Wykorzystanie terenu i przyroda Większość obszaru jest zabudowana, reszta przeznaczona jest na wolną przestrzeń, w tym Ogrody Watykańskie. Całkowicie zurbanizowany obszar Watykanu cechuje brak naturalnej fauny i flory. W Ogrodach Watykańskich rośnie wiele gatunków roślin, głównie śródziemnomorskich, są to jednak rośliny posadzone przez człowieka. Występują tam głównie cedry, palmy czy też oleandry. Na uwagę zasługują hodowane przez ogrodników storczyki i wiele innych kwiatów.