W wyniku szybkiego wzrostu liczby ludności Warszawy siedziba przy pl. Wareckim okazała się zbyt ciasna i zdecydowano się na przeniesienie szpitala na teren folwarku świętokrzyskiego przy ul. Nowogrodzkiej. Nowy kompleks szpitala wzniesiono w nowoczesnym systemie pawilonowym w latach 1897−1901 według projektu Józefa Piusa Dziekońskiego. W kompleksie budynków znalazły się m.in. kaplica katolicka i cerkiew prawosławna.
Teren przy pl. Wareckim został rozparcelowany. Wytyczono na nim nowe ulice: Moniuszki, Nowosienną (od 1916 Sienkiewicza), Boduena oraz przedłużono ul. Jasną od ul. Świętokrzyskiej do ul. Zgoda. W kolejnych latach zaczęła powstawać tam zwarta zabudowa czynszowa, a w latach 1900–1901 wzniesiono gmach Filharmonii. Zachowana dawna kaplica szpitalna stała się samodzielnym kościołem z adresem przypisanym ul. Moniuszki.
W okresie międzywojennym w wyniku rozwoju nauk medycznych w szpitalu swoją siedzibę znalazło 5 klinik uniwersyteckich i 11 oddziałów specjalistycznych.