W latach następnych w jego ręce przeszły kolejne starostwa: sądeckie (1512) i zatorskie (1513) oraz kasztelania wojnicka (1513).
Po nominacji na żupnika i podskarbiego wielkiego koronnego przebywał na stałe w Małopolsce. Porządkował skarbiec królewski oraz nadzorował żupę krakowską: kopalnie soli w Wieliczce i Bochni. Podczas pożaru kopalni soli, gdy nikt już nie chciał ratować, spuścił się osobiście wraz z rajcą miejskim Bethmanem w podziemia i pożar ugasił. Scena ta stała się inspiracją dla obrazu Jana Matejki.
W marcu 1515 r. towarzyszył Zygmuntowi Staremu w podróży do Preszburga (Bratysławy), a następnie na zjazd monarchów do Wiednia. Odrzucił wówczas ofiarowany mu przez cesarza Maksymiliana Austriackiego tytuł hrabiowski. Wracając do kraju ciężko zachorował na dyzenterię. Zmarł 6 września 1515 r. w Krakowie. Jego pamięć uczcił król Zygmunt I uroczystym pogrzebem. Pochowano go w katedrze na Wawelu. Jego olbrzymi majątek odziedziczył m.in. brat Stanisław Kościelecki.